飞亚达A停牌两年的原因主要是由于公司存在重大违规行为和财务造假等问题。以下是详细概述：

1. 财务造假：飞亚达A被指控存在财务数据造假行为，涉嫌虚增营业收入、利润等指标，误导投资者和监管部门。这种行为会严重损害公司的声誉和信誉。

2. 内部控制不严：飞亚达A的内部控制制度存在缺陷，监管部门发现了公司内部控制不力的问题，例如财务审计程序不完善、内部审计不到位等。这些问题导致了公司在财务管理和风险控制方面的漏洞。

3. 信息披露不透明：飞亚达A在信息披露方面存在问题，未及时、准确地向投资者披露相关信息。这种不透明的信息披露会导致市场信息不对称，损害投资者的利益。

4. 违规行为：飞亚达A存在其他违规行为，例如违反证券法律法规、违反公司治理规范等。这些违规行为触犯了相关法律法规，需要受到监管部门的处理。

由于上述问题的严重性，监管部门决定对飞亚达A进行停牌处理，以便对公司的违规行为进行调查和整改。停牌期间，公司将无法进行股票交易，也无法向市场披露新的财务和经营信息。

停牌期间，监管部门将对飞亚达A进行调查，核实公司的违规行为和财务数据的真实性。一旦调查结果出来，监管部门将根据情况对公司采取相应的处罚措施，以维护市场秩序和投资者的权益。同时，公司也需要积极整改，修复财务造假和违规行为所带来的损害，恢复市场信心。